בחוג למתמטיקה ניתן ללמוד במספר מסלולים שונים לתואר שני. בפרט, קיים בחוג מסלול לימודים המשלב בין מתמטיקה למדעי המחשב, ומסלול לימודים במתמטיקה, המשמש להרחבת הידע המתמטי והתמקצעות בתחומים ספציפיים. כמו כן, ניתן ללמוד בחוג למתמטיקה לתואר שלישי בנושאים מגוונים בתחום המתמטיקה.
